באפריל 2003 התגלו ממצאים כנראה מתקופת מרד בר כוכבא, במערת הר ישי, במצוק שמעל לבית ספר שדה עין גדי. הממצאים התגלו במהלך פרויקט הסוקר את כל המערות באזור עין גדי, שאותו מנהלים ד"ר עמוס פרומקין, מנהל המרכז לחקר מערות באוניברסיטה העברית, ופרופ' חנן אשל, ראש המחלקה ללימודי ארץ ישראל באוניברסיטת בר אילן.
רועי פורת, מנהל עבודת השטח של סקר המערות, אומר שנראה כי במערה התחבאו מורדים מתקופתו של בר כוכבא (שמעון בר כוסבה) מפני רדיפות הרומאים. אל המסקנה הובילו הממצאים מהמערה, שכוללים חצים, 12 מטבעות עם כתובות המתאימות לימי המרד, כמו "שמעון" ו"לחירות ירושלים", אריגים וכלי חרס האופייניים לתקופה.