סקופייה (Skopje)
סקופייה, בירת מקדוניה, שוכנת בצפון המדינה, על גדות נהר ורדר. בשנת 1963 פגע בסקופייה רעש אדמה, שבו נהרגו 1,066 איש. חלקים נרחבים בעיר נבנו מחדש בסגנון מודרני, אבל נותרו בה מבנים ישנים, כמו מרחצאות דאוד פשה, שהוקמו ב-1466. ממבט ראשון נראית סקופייה כעיר סובייטית אפורה. יש בה בלוקים בסגנון בנייה קומוניסטי, ומבני ציבור שנראים כמו מפלצות בטון. אך מתחת לפני השטח מתגלה סקופייה אחרת בה נראים צריחים עדינים של מסגדים באזור הבאזאר הטורקי (Čaršija), כנסיות אורתודוכסיות, בתי מרחץ ופונדקי מסחר עותמאנים היסטוריים.
בסקופייה מומלץ לבקר בגלריית האמנות העירונית, הנמצאת באזור העיר העתיקה. בעבר שימש המבנה כחמאם הגדול ביותר באזור הבלקן והיום משמש כמוזיאון המחזיק אוסף נהדר של אמנות מודרנית וכן אוסף של איקונות מהמאה ה-14. חדרי הבניין מוארים על ידי חורים בצורת כוכבים שבכיפות המבנה. המוזיאון של מקדוניה מציג את התרבות העשירה של המדינה. הממצאים הקדומים ביותר במוזיאון הם מהתקופה הנאוליטית, לפני כ-7500 שנים. כדאי גם לבקר במסגדי העיר בכנסיות ובמנזרים.
 

אוכריד (Ohrid)
בדרום-מערב מקדוניה, על גדות ימת אוכריד, שוכנת עיר הנושאת שם זה. זהו אחד מאתרי התיירות החשובים במדינה. אוכריד היא המרכז הרוחני של המקדונים האורתודוכסים ומכאן הם שואבים את גאוותם הלאומית. אוכריד שמשה כבירתו של הצאר סאמויל במאה ה-10 והיא שיחקה תפקיד מרכזי בצעדיה של מקדוניה להשגת עצמאות במאה ה-20. אבל ההיסטוריה של אוכריד מתחילה עוד הרבה קודם. אגם אורכיד נחשב לאחד האגמים העתיקים בעולם והוא העמוק ביותר באזור הבלקן. האזור היה מיושב ב-8,000 השנים האחרונות. שוליו ההרריים של אגם אוכריד כוללים את הפארק הלאומי גאליציקה (Galičica National Park), ובהמשך הדרך לגבול עם אלבניה נמצא מנזר סווט נאום (Sveti Naum) הנפלא.
באוכריד מומלץ לבקר במוזיאון לארכיאולוגיה, בכנסיית סווטי קלימנט, שסבמוך אליה יש שרידי בזיליקה נוצרית עתיקה, ובכנסיית סווטי נאום.
 

ביטולה (Bitola)
ביטולה היא אחת הערים היפות וידידותיות ביותר במקדוניה. היא ממוקמת על רמה בגובה 660מ', לרגלי הר פליסטר, בדרום מקדוניה, לא הרחק מן הגבול עם יוון. בתקופת השלטון העות'מאני באזור היתה לעיר חישיבות עליונה באזור, והאקדמיה הצבאית שהיתה בה משכה אליה אנשים כמו קאמל אטאתורק (אבי טוקיה המודרנית). עברה המפואר של העיר עדיין ניכר בה היום בעיקר בשדרה המרכזית שלאורכה בניינים מרשימים מהמאה ה-19. כדאי לבקר בשרידי העיר היוונית הקדומה הרקליאה, ובה פסיפס משוחזר מן המאה השלישית לספירה.