חרטום נמצאת במזרח המדינה, במפגש בין הנילוס הכחול והנילוס הלבן. מומלץ לבקר כאן במוזיאון הלאומי ובמוזיאון האתנוגרפי ולסייר לאורך הנילוס. מדרום לחרטום שוכנת העיר אובייד. הקתדרלה שלה היא אחת הגדולות באפריקה, וידועה במוזיקה האפריקאית המושמעת בה בעת התפילה. מזרחית מכאן, בסמוך לגבול האתיופי, נמצא הפארק הלאומי דינדֶר, ובו אריות, ג'ירפות, ברדלסים ואנטילופות.