סנטה קרוז (Santa Cruz)
האי סנטה קרוז נמצא במרכז הארכיפלג ובו מרוכזים רוב שירותי התיירות והאוכלוסייה באיי הגלפגוס. באי נמצאת פורט איורה (Porto Ayora), שהינה היישוב המרכזי בקבוצת האיים, ובה מתגוררים כ-6,000 איש. עיירה זו היא בדרך כלל התחנה הראשונה בטיול בגלפגוס – לאחר הנחיתה באי הסמוך, בלטרה, נוסעים באוטובוס שדה התעופה עד למעבורת המגיעה אל העיירה (סך הכל, כשעתיים נסיעה משדה התעופה). בעיירה בתי מלון ומסעדות, חנויות, משרדי רשות הפארק הלאומי של איי גלפגוס, תחנת המחקר על שם צ'ארלס דארווין, וחברות טיולים המציעות סיורי שיט באיים, סיורי צלילה ופעילויות נוספות.

על אף ההתיישבות באי שהותירה את רישומה על הטבע, לאי יש נופים ובעלי חיים להציע למטיילים לפני שימהרו לצאת ממנו לשיט בין האיים האחרים בארכיפלג. זהו אחד המקומות הטובים ביותר לפגוש בהם את התושבים המפורסמים ביותר של איי גלפגוס – צבי הענק, המכונים, ובצדק, הצבים הפיליים (Geochelone elephantopus). אורכם מגיע ליותר ממטר ומשקלם עד לרבע טונה. בעבר מילאו יותר ממאה אלף צבים את הארכיפלג, ואף התפצלו ל-14 תתי מינים, אולם רובם נכחד בעקבות הגעת האדם למקום. הספינות שעגנו בעבר בארכיפלג נהגו לצוד את הצבים מכיוון שבשרם היה משתמר בשריונם לאורך תקופה ארוכה של שיט בים בעידן נטול מקררים. הצבים היו המקור לשמה של קבוצת האיים: הבישוף תומס דה ברלנגה נסחף ב-1535 לאיים כשהיה במסעו לפרו, והוא כינה את הצבים "גלפגוס", "אוכפים" בספרדית, בגלל צורת השריון הענק. בהמשך התגלגל השם לקבוצת האיים כולה. את הצבים קל לראות בשמורת הצבים שעל האי ובמרכז הרבייה של תחנת המחקר.

תחנת המחקר (Charles Darwin Research Station) שבפורטו איורה נקראת על שמו של הוגה תורת האבולוציה צ'ארלס דארווין. ביקורו של דארווין באיים נמשך כחמישה שבועות בלבד ב-1835, בהיותו חוקר טבע על גבי סיפונה של הביגל. התצפיות ואיסוף החומר באיים היו המשמעותיים ביותר במסעו הארוך על הספינה, כשסקרנותו התעוררה למראה המינים הרבים והשונים זה מזה שהתגוררו על פני איים כה קרובים ודומים זה לזה. תחנת המחקר הבינלאומית נוסדה ב-1959, יש בה מרכז רבייה לצבים, והיא פתוחה למבקרים ללא תשלום. רוב הסיורים המאורגנים באיים עוברים בה כחלק מתוכנית מסלולם.

בסנטה קרוז יש כמה חופים נאים, אך גולת הכותרת היא חוף טורטוגה ביי (Tortuga Bay), כשעה וחצי הליכה מפורטו איורה. קילומטר אחד הלאה משתרע מפרץ שקט ונעים. בטורטוגה ביי ניתן לראות ציפורים וצבים, לצאת לשחיית שנורקלים כדי להתפעל מהחיים התת-ימיים, וליהנות מחוף חולי לבן עם מים צלולים בצבע טורקיז משגע, וכן צמחיית מנגרובים. השקיעות נפלאות, אך אל תשכחו להצטייד בדוחה יתושים.

בחלקים הגבוהים של האי אפשר לטייל בין יערות הטובלים בערפל, צבי ענק משוטטים בטבע, צינורות לבה ותצורות וולקניות. הציצו למשל ב"תאומים" (Los Gemelos), שני מכתשים באמצע האי משני צדיו של הכביש החוצה אותו. 

איזבלה (Isabela)
האי איזבלה הוא הגדול באיי הגלפגוס, והוא מתפרש על פני שטח של כ-4,600 קילומטר רבוע במערב הארכיפלג. הוא גדול יותר מפי ארבעה מסנטו קרוז, שהינו האי השני בגודלו בגלפגוס. צורתו כשל האות נ', והרכס שלאורכו מנוקד בחמישה הרי געש, ההופכים אותו לאי הכי פעיל מבחינה געשית בקבוצת האיים. שיא מקומי נוסף בו מחזיק האי איזבלה הוא הפסגה הגבוהה ביותר בגלפגוס, השייכת לאי הגעש וולף (Wolf). גובהה 1,707 מטר מעל פני הים. בדרום האי ישנם שני יישובים – העיירה פוארטו וילאמיל (Puerto Villamil) שבה מרוכזים שירותי התיירות השונים, וסנטו תומאס (Santo Thomas) שאינו אלא אסופת חוות קטנה.

היות ואתרי התיירות באי רחוקים זה מזה, חלק ממסלולי השיט פוסחים עליו, וחבל: זהו אי יפהפה, ובו עולם חי עשיר ומרתק. כך למשל מתגוררת בו רוב אוכלוסיית הצבים הפיליים של הגלפגוס, כאשר מכשולי ההרים שבדרכם יצרו תת מינים שונים של צבים בכל אזור. עם זאת, למרות המספר הרב של הצבים, קל יותר להיתקל בהם בסנטו קרוז. מול החוף המערבי של האי נהנים שוכני הים מזרם קרומוול המספק להם חומרי מזון רבים. לא רק דגים ולווייתנים נהנים מהשלל, אלא גם עופות מים רבים, ביניהם הקורמורן של גלפגוס. ציפור זו איבדה את יכולת התעופה שלה בשל היעדר טורפים על האי, והאבולוציה העניקה לה כתחליף יכולות צלילה ושחייה מעוררי התפעלות. רק כאלף קורמורנים ממין זה חיים בעולם, ואוכלוסייתם מרוכזת על האי איזבלה ושכנו פרננדינה בלבד.

מפרץ טגוס (Tagus Cove) במערב האי הוא אתר השנירקול והצלילה המועדף באיזבלה. תמצאו כאן כוכבי ים ענקיים, דגים צבעוניים, אריות ים, לווייתנים, דולפינים ואולי אפילו את פינגווין הגלפגוס הקטן, שהינו הפינגווין הצפוני ביותר בעולם. סמוך לקו החוף יש כמה אתרי קינון של סולה כחולת רגל – ציפור מצחיקה בעלת פרצוף משעשע ומטופש, עם רגליים בעלות קרומי שחייה בצבע כחול עז. מומלץ לצאת לסיור רגלי מהחוף דרך היער אל אגם המים המלוחים דארווין. העלייה לאגם מספקת נופים נהדרים על הר הגעש דארווין הסמוך.

דרומה למפרץ טגוס נמצא מפרץ נוסף, אורבינה (Urvina Bay), המעניין לשנירקול בזכות שפע דגה וצבי ים ושונית יפה. בעונות המתאימות מקננים במקום פינגוויני הגלפגוס, קורמורנים ושקנאים חומים. על החוף אפשר לפגוש גם את האיגואנות היבשתיות הענקיות, ואת קרובתן, האיגואנה הימית (Amblyrhychus cristatus). זוהי הלטאה היחידה בעולם המסוגלת לשחות ולצלול. משערים שמוצאה בלטאה יבשתית שנסחפה לאיי גלפגוס מהיבשת, ובמהלך האבולוציה קיבלה את כישוריה המיוחדים לחיים בים ועברה שינויים פיזיולוגיים מתאימים. כך למשל מסוגלת האיגואנה הימית להפחית את קצב פעימות הלב בצלילתה, ונוספו לה קרומי שחייה בין אצבעותיה.

ממשיכים דרומה למפרץ אליזבת (Elizabeth Bay). אסור לעגון בחוף, אך ניתן לבקר באיי מריאלה (Mariela Islands) הזעירים שבשטחו, בהם ניתן לראות פינגווינים. כמו כן ניתן לראות באזור צבי ים, להקות דגים, שקנאים ואריות ים.

נוף שונה לגמרי ניתן לראות בטיפוס להר הגעש סיירה נגרה (Sierra Negra Volcanu) שבדרום האי, המצטיין במכתש הגדול ביותר בקבוצת האיים. מפוארטו וילאמיל נוסעים אל סנטו תומאס, ומשם ממשיכים ברגל או על גבי סוסים במשך כשלוש עד חמש שעות. בדרך ניתן לראות ציפורים שונות. 

פרננדינה (Fernandina)
אי זה שוכן ממערב לאיזבלה. הוא אחד הגדולים בארכיפלג, אך אינו מיושב. זהו הצעיר ביותר באיי גלפגוס, והר הגעש שבמרכזו עודנו רוחש חיים וזועף. הנוף, בהתאמה, וולקני, צחיח ופראי, עם זרמי לבה שהתקשו במקום צמחייה ירוקה. מסלולים רגליים חולפים בין מנגרובים, אריות ים ונופים געשיים. האתר המרכזי הוא פונטה אספינוסה (Punta Espinosa), ובו אוכלוסייה ענקית של איגואנות ימיות הרובצות על סלעי החוף. גודלן של חיות אלו מגיע עד 150 סנטימטר, והן נפטרות מעודפי המלח שבגופן על ידי התעטשויות תכופות. על החוף קשה לפספס את הסרטן היפה ביותר בגלפגוס, "סאלי קלת הרגל", המרהיב בצבעיו האדומים-כחולים. גם חובבי צפרות לא יתאכזבו, ויוכלו למצוא במקום קורמורנים, פינגווינים ועוד. 

ג'נובזה (Genovesa)
האי ג'נובזה, הידוע גם בשם "אי המגדל" (Tower Island), נמצא בצפון הגלפגוס. זהו אי קטנטן ומרוחק, ששטחו 14 קילומטר רבוע בלבד וגובהו 76 מטר. מגיעים אליו בשיט לילי ארוך ומטלטל מסנטה קרוז. אף על פי כן ג'נובזה הינו אי מרתק לביקור בזכות היותו אתר קינון משגשג לציפורים רבות – שחפים קדודי זנב, שחף הלבה, פריגטות, סולה אדומת רגל, סולת המסיכה, יסעורים ועוד. הפריגטות מרשימות במיוחד בתקופת החיזור, כשהזכר מנפח שק אדום ענק מתחת למקורו ופורש את כנפיו השחורות הענקיות (מוטת כנפיו 2.3 מטרים).

באי יש שני אתרים: מפרץ דארווין (Darwin Bay) שעל החוף ומדרגות הנסיך פיליפ (Prince Phillip`s Steps) הסלעי. שימו לב כי השני מביניהם מוגבל לביקור כלי שיט של לא יותר מ-12 נוסעים כדי לא להפריע לקינון. 

אספניולה (Espanola)
כמו ג'נובזה, גם אספניולה הינו אי קטן ומרוחק, אך נדמה שפופולריותו בקרב המטיילים לא נפגמת מכך כלל וכלל. זהו האי העתיק ביותר בארכיפלג, וגם הדרומי ביותר, והוא ידוע גם בשם Hood Island. בשל היותו האי הזקן בקבוצה וריחוקו, יש מיני בעלי חיים האנדמיים לו בלבד ואינם נמצאים בשום מקום אחר בגלפגוס או בעולם כולו. בין אלו נמצא מין מסוים של ציפורי לעג – ציפור קטנה המנהלת יחסי שיתוף עם האיגואנות. כשהאיגואנות רוצות להיפטר מטפילי עור מציקים הן נעמדות בתנוחה המתאימה המאותתת לציפור לנחות על גבן ולפלות מעורן את הטפילים. האיגואנות הימיות באספניולה הן מהגדולות בגלפגוס ומצטיינות בצבעיהן. אך גולת הכותרת שמורה לאלבטרוס הגלפגוס. זהו אתר הדגירה היחיד בעולם של ציפור זו, ומדי שנה באפריל נוחתים באי כ-12 אלף זוגות. בינואר הם נושאים כנפיהם שוב ויוצאים לשיטוטיהם מעל האוקיינוס עד אפריל.

האתר המרכזי באי הוא פונטה סווארז (Punta Suarez), שבו אפשר לראות את האלבטרוסים, את האיגואנות הצבעוניות, לטאות לבה צבעוניות, שחפים קדודי זנב, ציפורי לעג, אריות ים ועוד. מסלול רגליי מוביל לצוקים בהם מקננים סולות המסכה, וליד קו החוף מקננת הסולה כחולת הרגל. אתר נוסף הוא מפרץ גארדנר (Gardner Bay), חוף חולי לבן, יפה וארוך בצפון-מזרח האי. על החול מוטלים המון אריות ים ענקיים ועצלים המשתזפים בשמש. במקום ניתן לראות שלושה סוגי פרושים, איגואנות ימיות ולעתים גם צבי ים. המפרץ נהדר לשנירקול, ולעתים אפשר לשחות לצדם של אריות הים, מנטה ריי ולהקות דגים צבעוניות. 

סן כריסטובל (San Cristobal)
האי המזרחי ביותר בארכיפלג. זהו אי מיושב, שבו גם נמצא אחד משני שדות התעופה של גלפגוס. שירותי התיירות, בתי המלון והמסעדות נמצאים בעיירה Puerto Baquerizo. זוהי עיר הבירה של הגלפגוס, והיישוב השני בגודלו בקבוצת האיים, עם כ-3,000 תושבים. בשל מיקומו של שדה התעופה באי, חלק מהמטיילים בוחרים להתחיל מכאן את סיורם בגלפגוס.

לא רחוק מהעיירה יוצא מסלול הליכה המטפס אל גבעת הפריגטה (Frigate Bird Hill). מראש הגבעה נשקפים החופים החוליים הלבנים הסמוכים, גגות העיירה וכמובן, כמובטח בשמה, ציפורי פריגטה משני מינים (בעונת הקינון).

מרכזו ההררי של האי זוכה לרוב להתעלמות מצד התיירים, אך אם יש לכם זמן מיותר עד צאת סיור השיט שלכם, כדאי לתור את הנופים היפים. למשל, אגם אל חונקו (El Junco Lake). זהו אגם מים מתוקים גדול, היחיד מסוגו בגלפגוס, השוכן במכתש של הר געש שנכחד. אפשר להמשיך אל הפסגה הגבוהה באי, גבעת סן חואקין (San Joaquin Hill), שגובהה 720 מטר מעל פני הים. בצפון האי, בפונטה פיט (Punta Pitt) ניתן לראות את שלושת סוגי הסולות, כמו גם פריגטות ושחפים.

האי הזעיר איסלה לובוס (Isla Lobos; אי אריות הים) מבטיח ומקיים – במקום יש מושבת אריות ים וכן סולות כחולות רגל. ניתן לשנרקל ולשחות עם כלבי הים. שתי חתיכות סלע עצומות בגודלן מזדקרות מהים ומכונות קיקר רוק (Kicker Rock; נקראות גם Leon Dormido). הן מרשימות על אף שלא ניתן לעגון ולטפס עליהן, ומעבר בכלי שיט קטן ביניהם יספק הצצות על סולות, פריגטות וציפורים נוספים. זהו גם אתר צלילה יפה. 

פלוריאנה (Floreana)
אי זה שבדרום הגלפגוס (כחמש שעות שיט דרומה לסנטו קרוז) היה הראשון בקבוצת האיים שבו התיישבו בני האדם. פיראטים וציידי לווייתנים היו עוצרים בו להצטיידות, וכתוצאה מכך הגיעו לאי מינים פולשים כמו חולדות ועזים ורבים מבעלי החיים המקומיים שבו הלכו ונעלמו.

השם פונטה קורמורנט (Punta Cormorant) מבלבל. הקורמורנים של איי גלפגוס לא מתגוררים כאן, אלא במערב הארכיפלג, ולמעשה קרוי המקום על שם ספינה אמריקאית. מסלול קצר מוביל ללגונה בה מקננת האוכלוסייה הגדולה ביותר של פלמינגו בעונה המתאימה. בהמשך המסלול חבוי חוף חולי יפהפה, עם צבי ים וסרטנים. באתר ניתן לראות גם אריות ים, מחבטנים וסולות.

אתר היסטורי בגלפגוס? כן, יש דבר כזה. במפרץ משרד הדואר (Post Office Bay) שוכן משרד הדואר המוזר ביותר שראיתם. זהו אוסף משונה של תיבות דואר עקומות ומשונות, שהוקם עוד במאה ה-18. ציידי לווייתנים היו משאירים במקום את מכתביהם כדי שספינות הנוסעות לכיוון ההפוך יעבירו אותם ליקיריהם בבית. עד היום נוהגים תיירים להניח במקום גלויות לחבריהם בארצם, ואם מצאתם במקום גלויה הממוענת לישראל אתם מוזמנים לקחתה ולהעבירה ליעדה בשובכם הביתה.

בסמוך לפלוריאנה יש כמה אתרי צלילה מוצלחים. כתר השטן (Devil`s Crown) הוא הדובדבן שבקצפת, הקרוי על שמו של מכתש הר געש הטבוע במים, שמעט ממנו מציץ החוצה. מעל המים ניתן לראות סולות, שקנאים ופריגטות, ומתחתם עולם ומלואו – אריות ים השמחים לשחות עם הצוללים, פטישנים, צלופחים, צבי ים, דגים בשלל צבעים ועוד. אתר נוסף הוא צ'אמפיון (Champion), ובו צלילה לאורך קיר בזלתי מכוסה אלמוגים, לצד ברקודות, אריות ים, כוכבי ים וצבי ים. 

סנטיאגו (Santiago)
אי פופולרי לביקור בשל מיקומו הנוח בין סנטה קרוז לאיזבלה במרכז הגלפגוס. גם כאן סבלה אוכלוסיית בעלי החיים המקומיות מפלישת מינים זרים כמו עזים וחולדות, אך עדיין יש מה לראות בו.

בצפון-מערב האי יש ריכוז של אתרים מעניינים. בפוארטו אגס (Puerto Egas) ניסו להקים בעבר מכרות מלח. מסלול הליכה עובר בין ניסיונות הנפל לבריכות קטנות הנוצרות בשעות השפל לאורך החוף, ומספק הצצה על כלבי ים, סרטני סאלי קלת הרגל הצבעוניים, פרושי דארווין וציפורים נוספות. מעט צפונה, בחוף אספומילה (Espumilla Beach), משתרעת רצועת חוף זהובה לצד צמחי מנגרובים. באזור ציפורים רבות, פלמינגו ורודים וצבי ים. במעלה החוף נמצא מפרץ בוקניר (Buccaneer Cove), שבו אריות ים רבים.

במזרח האי נמצא מפרץ סאליבן (Sullivan Bay). התפרצות געשית לכיוון האי ברתולומי הותירה כאן שדה געשי עם תצורות מעניינות כמו צמות של לבה שהתקררה. מסלול קצר (שעה עד שעה וחצי) עובר במקום. 

ברתולומי (Bartolome)
אין צורך להרחיק מסנטיאגו. האי ברתולומי הזעיר נמצא במפרץ סאליבן ומהווה המשך ישיר לנופיו הגעשיים. זהו מראה נהדר, במיוחד עם סלע הקונוס Pinnacle Rock שבקצה האי, חביב הצלמים. במקום ניתן לראות אריות ים, פינגוויני גלפגוס, לטאות לבה וציפורים שונות. כדאי לטפס לפסגת הר הגעש הכבוי לתצפית נהדרת על כל האזור ועל איים שונים בארכיפלג. הנוף הירחי מוסיף לחוויה.

מצפון לאי נמצא אתר הצלילה Cousins Rock, ובו תריסניות, להקות ברקודה, כרישי שונית, צבי ים, אריות ים ועוד. 

סנטה פה (Santa Fe)
אי קטן מדרום-מזרח לסנטה קרוז, המשתרע על שטח של 24 קילומטר רבוע. באי מושבות אריות ים, איגואנה יבשתית אנדמית לאי ועצי צבר ענקיים. עצים אלו התפתחו כנראה כדי להרחיק את עלי הצבר מפיהם הרעב של הצבים הפיליים שחיו בעבר בשפע באי. 

האיים וולף ודארווין (Wolf & Darwin)
וולף (המכונה גם Wenman) ודארווין (המכונה גם Culpepper) הם שני איים זעירים ונידחים. שטחו של כל אחד מהם הוא רק מעט יותר מקילומטר רבוע אחד, והם נמצאים בצפון-מערב הגלפגוס. לאיים עצמם אין מה להציע לתיירים, אולם מי הים סביבם רוחשים חיים ומושכים למקום סיורים של חבילות צלילה לצוללנים מנוסים. אלו יזכו לפגוש מקרוב עשרות ואף מאות פטישנים, כרישי גלפגוס, מנטה ריי, צבי ים, דולפינים, להקות דגים גדולות ועוד.