איי קומורו נמצאים מצפון למיצר מוזמביק שבאוקיינוס ההודי, בין מוזמביק למדגסקר. בתחומי המדינה נכללים שלושה איים גדולים: גראן קוֹמוֹר, מוהֶלי ואנז'ואן. מאיוט, האי הרביעי בארכיפלג, נמצא בשליטת צרפת. הפסגה הגבוהה ביותר במדינה היא הר הגעש קרטלה (2,361 מטר מעל פני הים), הנמצא בגראן קומור.
